南京审计大学国民经济研究所成立于2002年，现有专兼职研究员8人，其中享受国务院政府特殊津贴专家1名，教育部经济学教学指导委员会专家委员1名，江苏省有特出贡献中青年专家1名，江苏省普通高校“青蓝工程”学术带头人1名，优秀青年骨干教师4名。
自成立以来，国民经济研究所承担了国家级、省部级科研项目20多项，出版学术专著10多部，在《经济研究》、《管理世界》、《世界经济》、《中国工业经济》、《财贸经济》等重要期刊发表学术论文100余篇，取得了一批处于国内领先地位的优秀成果。
国民经济学学科在2005年被评为江苏省重点建设学科，研究方向主要包括国民经济总量与结构，国民经济运行与宏观调控。依托于研究所的国民经济学学科建设，2004年南京审计学院获得了与南京大学联合培养国民经济学硕士研究生资格，并于2014年批准能够独立自主招收硕士研究生。